Monday, March 31, 2014

FANTOM5 era has begun

I want to talk about work for a change. What I do and where. In a nutshell, I do research in the genomic field (decoding the genome) in a government institution known as RIKEN. That's all one need to know. 

Now, RIKEN and a worldwide collaboration have been jointly working for over a decade on a project named FANTOM with the ultimate goal of deciphering the 3billion letter-code that is stored in our chromosomes in the forms of genes, and by doing so identify the functions all those genes are meant to have.

The series of discoveries has been coming out of a series of FANTOM episodes (1, 2, 3, 4), and the bulk of scientific publications and attention from the public grew bigger and bigger each time.

Scientific research had a new biggest breakthrough last week. FANTOM5 project delivered a huge gene expression atlas to the community and a series of results that will impact considerably. Not that previous efforts of the consortium are not to be acknowledged, but since I was directly involved in the last round of FANTOMs, I sort of experience the events in a totally different way. I joined RIKEN just at the beginning of FANTOM4, however everything was new and, besides, the strategies had already been decided and put into practice. But I saw FANTOM5 growing, from the idea being conceived until the final results (after 5 years), going through all the obstacles the path to glory was filled with.

Yes, because in the end fame is what we all look for. Build up a name and make it last. And with fame comes money (from the government), so that we can move on to the next genome quest and succeed once again few years from now.

Now I understand why researchers go through all this, and it is the same reason why basketball teams want to win the championship, why olympic athletes want the gold medal, why people rebel against oppressive laws, why actors want to get the Oscar: recognition. Especially in science, the more they talk about you, the more cited your papers are, the more famous you become. It takes huge efforts, delusions, stress, mistakes, time. But in the end, it is all forgotten and drunk away in celebration of yet another achievement. 

And celebrate we did, more motivated than ever since this time we aimed very high. To freely quote my boss, it took us  "261 authors, 20 countries, 18 papers (two of those in Nature, the most prestigious journal of all), 5 years (one of those spent to address comment by a nasty reviewer), 1 technology used", and also 2 big consortium meetings, lots and lots of conference calls, lots and lots of server crashes, lots and lots of wrong sample labels I had to nail down and fix, lots and lots of web pages, lots and lots of discussions, and a lot more. 

When they finally accept a manuscript (they= journal editors), one may think it's done now. Oh, nope. Not even close. Then there are embargo (if the main paper does not go live, neither can all the others that stem from it), confidentiality issues, press releases, web portals to be tested and readied for a flawless opening when zero day comes, strategies and more strategies to handle time zones (heh, didn't expect it, uh?) and make sure there are no info leaks, security of servers and so on….a handful of those is what I also had to deal with the day before opening, and that was happily handled with some pizza delivery at work, to lift the spirits and feed the brains to work late.

So, in short, research is for those who like sacrifice and suffering. But the reward? Oh, priceless!

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Voglio parlare di lavoro per una volta. Cosa faccio e dove. Per farla breve, faccio ricerca nel campo della genomica (decodifica dei geni) in un istituto che si chiama RIKEN. E questo e' praticamente tutto quello che c'e' da sapere.

Ora, RIKEN e una collaborazione internazionale per più di un decennio hanno lavorato insieme su un progetto che si chiama FANTOM, il cui fine ultimo e' quello di decifrare il codice di 3 miliardi di lettere che e' immagazzinato nei nostri cromosomi nella forma di geni, e facendo ciò spera di identificare le funzioni che i geni hanno.

La serie di risultati sono venuti fuori da una serie di episodi del FANTOM (1, 2, 3, 4) e la quantità di pubblicazioni scientifiche e allo stesso tempo l'attenzione del pubblico sono cresciute di volta in volta.
La ricerca scientifica ha avuto un nuovo boom la settimana scorsa. Il progetto del FANTOM5 ha consegnato al mondo un atlante di espressione genetica e una serie di altri risultati dall'impatto consistente. Non che gli sforzi precedenti del consorzio non vadano riconosciuti, e' che siccome sono stata coinvolta direttamente nell'ultimo FANTOM, lo vivo in maniera diversa. Ho incominciato al RIKEN all'inizio del FANTOM4, pero' ero appena arrivata e tra le altre cose tutte le strategie d'attacco erano state già decise e messe in pratica. Invece, con il FANTOM5, ho visto l progetto crescere, l'idea prendere forma e raggiungere i risultati (dopo 5 anni), attraversando i vari ostacoli verso la gloria.

E si, perché alla fine ciò che andiamo cercando e' la fama. Costruisci un nome e fallo durare. E assieme alla fama arrivano i soldi (dal governo), così uno avanza verso la prossima conquista genomica per ottenere un altro successo a qualche anno dall'inizio.

Ora ho capito perché ogni ricercatore lo fa, ed e' la stessa motivazione per cui il giocatore di basket vuole vincere il campionato, perché l'atleta olimpico vuole la medaglia d'oro, perché i popoli si ribellano ai regimi oppressivi, perché gli attori vogliono l'Oscar: essere riconosciuti. In particolare per il campo scientifico, più si parla di te, più citazioni hanno i tuoi manoscritti, più famoso diventi. Ci vuole una buona dose di sforzi, delusioni, stress, errori e tempo. Ma alla fine si dimentica tutto quando si celebra un successo.

E di celebrare abbiamo celebrato, più motivati che mai visto che avevamo puntato in alto. Per citare liberamente il mio capo ci sono voluti "261 autori, 20 paesi, 18 articoli (di cui due in Nature, la rivista più prestigiosa), 5 anni (di cui uno solo per far contento il revisore impossibile), 1 tecnologia usata", e in aggiunta due grossi meeting per il consorzio, un sacco di conferenze audio, un sacco di problemi coi server, un sacco di nomi sbagliati per i campioni biologici che mi e' toccato trovare e correggere, un sacco di pagine web, un sacco di discussioni e molto altro ancora.

Quando hanno finalmente accettato il manoscritto (gli editori), uno persa che ora e' fatta. Ma neanche per sogno. Bisogna fare i conti con l'embargo (se il manoscritto principale non viene pubblicato, non lo saranno neanche tutti gli altri che a questo si appoggiano), con dati confidenziali, con conferenze stampa, con siti internet da testare e preparare per una pubblicazione senza problemi quando il giorno arriva, con soluzioni per raggirare i fusi orari (eh, si c'e' anche questo) per fare in modo che non ci sia fuga di informazioni, messa in sicurezza dei server, eccetera eccetera. E ho anche io dovuto considerare alcuni dei punti precendenti, cosa che e' riuscita perfettamente con una consegna a domicilio di pizza per risollevare gli spiriti e apportare energia al cervello mentre si lavora fino a tardi.


Quindi, per riassumere, la ricerca e' per coloro che amano sofferenza e sacrifici. Ma la ricompensa? Non ha prezzo.




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